Melodyneのサイトにも対処法が載ってなかったので共有。

現在、このアラートが出る条件は、ARAでMelodyneの編集を行ったあとに不要なクリップの一部を削除したにもかかわらず、Melodyneがそのクリップの情報を持ち続けている、という状態のようです。

つまり既に不要になっているのにないと言われてるってことですね（以前のバージョンでは必要なデータが欠落することがありました）。

アラートを無視しても使用上は問題ないですが、セッションを開くたびに警告されるのはうざいですよね。
そこで、次のようにやってみます。

１.　その失われたと言われているクリップ名をすべてメモ
２.　適当に新規オーディオトラックを１つ作成
３.　クリップリストからその名前のクリップを作ったトラックにドラッグで適当に移動
４. 　再度そのクリップに対してMelodyneをオンにする
５.　仮に作ったそのトラックごとクリップを削除

これでセッションを保存すれば次からセッションを開いたときに聞いてこなくなるはず。